化学污染可以发生在水产品生产、加工的任何阶段。化学污染物可分为天然存在的化学物质、有意加入的化学物质和无意或偶尔进入食品的化学物质。

天然存在的化学物质有霉菌毒素（如黄曲霉素）、鲭鱼毒素（组胺）、贝类毒素和生物碱等；

有意加入的化学物质多是食品添加剂（防腐剂、抗氧剂、营养强化剂、色素、香料等）；

无意地或偶尔加入食品的化学物质有农用化学物质（如杀虫剂、杀真菌剂、除草剂、抗生素和生长激素等）、食品法规禁用化学品、有毒元素和化合物（如铅、砷、汞和氰化物）、聚氯联苯、工厂化学用品（如润滑油、清洁剂、消毒剂和油漆等）。